Dr Mateusz Drach dorobił w Jmolu funkję czytania pliku .out zawierającego wyniki obliczeń geometrii równowagowej i częstości drgań wykonanych w programie PQS. Jmol jest apletem napisanym w Javie i do jego uruchomienia potrzebna jest działająca mszyna wirtualna Javy. Dostępna jest zmodyfikowana aplikacja Jmol w formacie .jar (Uwaga ! Wersja poprawiona 2014-04-15).
Jest też dostępne makro vibrational.macro do włączania animacji i ustawiania wektorów wychyleń atomów z pozycji równowagowej. Po pierwszym uruchomieniu Jmola w katalogu domowym użytkownika (pod WinXP będzie to C:\Documents and Settings\użytkownik) pojawi się podkatalog .jmol. W tym podkatalogu należy samodzielnie utworzyć podkatalog macros i zapisać tam vibration.macro. Od tej pory po wczytaniu wynku obliczeń drgań cząsteczki możemy wybrać z paska menu macros/vibration i będziemy mieli włączoną animację drgań cząsteczki.